L'"antiquarium" di Castelseprio racconta le vicende del luogo attraverso le testimonianze materiali; il percorso si snoda in sette sale che ospitano numerosi reperti datati dalla pre-protostoria (X-IX/VIII secolo a.C.) alla fine del XVI secolo d.C., con particolare riguardo ai documenti dell'età gota (V/VI secolo), quando Castelseprio diviene un importante castrum del sistema fortificato subalpino, e longobarda (fine VI-774), epoca in cui è una grande città ed il centro giuridico-amministrativo di un ampio territorio.
Il museo è aperto al pubblico dal 2009 ed ha sede nel Conventino di San Giovanni, probabile romitorio francescano del XIII sec. che, sottoposto nei secoli a molteplici rifacimenti e ampliamenti, fu poi trasformato in cascina nell'800 e in residenza rurale per più famiglie nel secolo successivo. Dal 1988 è proprietà dello Stato che ne ha curato le opere di restauro.
Immagini di grande interesse iconografico sono ancora oggi visibili nell'abside della chiesa conventuale. Gli affreschi, opera di Francesco da Gattinara, pittore piemontese attivo dagli anni Trenta del XVI secolo, raffigurano Gesù sofferente tra Maria e San Giovanni.