Il fulcro della vita religiosa di Castelseprio si concentra principalmente nella zona occupata dal complesso basilicale di San Giovanni del quale fa parte il Battistero.
Dedicato a S. Giovanni Battista, risale al V-VI secolo d.C., ha pianta ottagonale con un'absidiola ad est costruita in una seconda fase. L' edificio, in origine indipendente, fu raccordato in seguito alla Basilica con un passaggio che immette nella navata di sinistra.
Si sono eccezionalmente conservati intonaci delle pareti interne e resti del pavimento in "opus sectile", costituito da piastrelle ottagonali, rettangolari e di altro taglio in marmo nero di Musso e bianco di Varenna e cromaticamente arricchito da inserti in marmi grigi a varia tonalità; di grande eleganza e prestigio, costituisce un elemento ricorrente negli edifici di culto sepriensi, dall'età paleocristiana a quella longobardo/carolingia, come attestano i confronti con la vicina S. Maria "foris portas".
La caratteristica più particolare del Battistero è però la presenza di due impianti battesimali: la vasca ottagona ad immersione conserva ancora il rivestimento marmoreo ed è databile forse al V/VI sec. d.C.; vi è poi annessa una seconda vasca circolare, realizzata in laterizi rivestiti da lastre marmoree con pavimentazione in cocciopesto, utilizzata forse come cisterna.