Lodovico Pogliaghi (1857-1950) è da considerare uno fra i più grandi artisti milanesi di fine '800 e inizi '900, tuttavia ancora poco noto tanto nella sua città natale, dove lavorò e insegnò ornato all'Accademia di Brera, quanto a Varese, dove soggiornò dal 1885 e morì all'età di 93 anni.
Artista poliedrico, pittore e scultore oltre che orafo, decoratore e scenografo, fu sempre fedele alla tradizione classica e allo studio dei maestri del passato. In funzione della sua attività presso la casa-studio al Sacro Monte raccolse una prestigiosa ed ecclettica collezione di opere d'arte.
A Milano l'artista conquistò la fama grazie all'aggiudicazione del concorso per la realizzazione della porta maggiore del Duomo, cui lavorò fra 1894 e 1908. Seguirono lavori in tutt'Italia: al duomo di Genova e a Chiavari, a Roma al gruppo scultorea della Concordia per l'Altare della Patria, a Padova alla Basilica del Santo. A Varese Lodovico Pogliaghi si prodigò nei restauri alla Basilica e alle Cappelle del Sacro Monte; suo il paliotto dell'altare maggiore della stessa chiesa, realizzato nel 1894.
L'artista iniziò la costruzione della sua casa-studio al Monte nel 1885. L'edificio, che doveva ospitare le sue collezioni, riflette il gusto ecclettico dell'epoca e l'interesse del suo proprietario verso tutte le forme d'arte, con sale ispirate ai diversi stili architettonici e un giardino all'italiana disegnato dallo stesso Pogliaghi. Le collezioni includono reperti archeologici vari (statuaria greco-romana, sarcofagi egizi) sculture e pitture antiche (statue lignee del XV e XVI secolo, una scultura del Giambologna, due tele di Alessandro Magnasco), oggetti di arredamento (specchiere, mobili lombardi, un'importante collezione di tappeti antichi) oltre a bozzetti, gessi preparatori, disegni e progetti dell'artista.
Per volontà testamentaria del Pogliaghi, la casa è stata trasformata in Museo e aperta al pubblico nel 1971 (chiusa per restauri nel 2005).
Dal 2008 parte delle collezioni sono visitabili nel rustico adiacente al Museo.